Willigis Jäger wird 1925 in Hösbach bei Aschaffenburg geboren. Unmittelbar nach dem Ende des 2. Weltkrieges tritt er in die Benediktinerabtei Münsterschwarzach ein und beginnt 1948 das Philosophie- und Theologiestudium. 1952 wird er zum Priester geweiht und arbeitet als Präfekt und Lehrer im Internat und Gymnasium der Abtei Münsterschwarzach. Im Jahr 1960 wird er Referent für Mission und Entwicklung beim Bund Deutscher katholischer Jugend und mitbegründet im gleichen Jahr die ökumenische Aktion Missio, die ihn in viele Länder der dritten Welt führt, auch nach Asien und Japan.
Die Begegnungen mit Hugo E. Lasalle und Yamada Ko-Un Roshi, dessen Schüler Willigis Jäger ab 1972 wird, initiieren ihn auf dem Weg des Zen. Willigis Jäger beginnt eine langjährige intensive Übung des Zazen mit 6 jährigem Aufenthalt in Japan und Koanschulung unter Yamada Ko-Un Roshi. 1980 erhielt Willigis Jäger vom Yamada Ko-Un Roshi die Erlaubnis Zen zu lehren.
1983 gründet er im ehemaligen Würzburger Internat der Abtei Münsterschwarzach sein erstes Zen- und Kontemplationszentrum, das Haus St.Benedikt. 1990 wird auf seine Inspiration hin der Ökumenische Arbeitskreis kontemplatives Gebet ins Leben gerufen, aus dem später die Würzburger Schule der Kontemplation entstanden ist.
1996 erhält Willigis Jäger vom Kubota Roshi, dem Nachfolger von Yamada Roshi das Inka Shomei und damit die Bestätigung als Zenmeister und 87. Nachfolger von Shakyamuni Buddha.
Die Auseinandersetzungen ab 2000 mit der römischen Glaubenskongregation unter ihrem damaligen Leiter Kardinal Josef Ratzinger basieren auf dem Vorwurf, Willigis Jäger unterstelle die dogmatisch untermauerten Glaubensinhalte und Glaubenswahrheiten der persönlichen Erfahrung. 2002 erteilt ihm die Glaubenskongregation ein Rede- und Schreibverbot, an das er sich wegen seiner breiten Schülerschaft nicht hält. Eine Beurlaubung aus der Klostergemeinschaft (Exklaustrierung), deren Mitglied Willigis Jäger weiter ist, erfolgt im gegenseitigen Einvernehmen.
2003 kann, dank der Unterstützung seitens der Unternehmerin Frau Gertraud Gruber, ein neues Zen- und Kontemplationszentrum entstehen. Der Benediktushof in Holzkirchen ist seitdem der Wohnort und die Wirkungsstätte von Willigis Jäger.
2007 gründet Willigis Jäger mit der Unterstützung von Prof. Dr. Hans Wielens die „West-Östliche Weisheit Willigis Jäger Stiftung“ mit Sitz auf dem Benediktushof.
Im Juni 2009 gründet er die Zenlinie „Leere Wolke“ und empfängt im Oktober des gleichen Jahres vom chinesischen Chan-Großmeister Jing Hui im Bailintempel erneut den Dharma und die Bestätigung als Chan-Meister und 45. Nachfolger von Lin Chi (jap. Rinzai).
